Lebensmittelmonitoring - das von Bund und Ländern durchgeführte Untersuchungsprogramm - ergänzt die amtliche Lebensmittelüberwachung der Bundesländer. Lebensmittelüberwachung kontrolliert die Einhaltung lebensmittelrechtlicher Vorschriften v.a. durch verdachts- und risikoorientierte Untersuchungen. Das Lebensmittelmonitoring hingegen ist ein System, das wiederholt und repräsentativ den Gehalt unerwünschter Stoffe in und auf Lebensmitteln misst und bewertet. Dazu gehören z.B. Pflanzenschutzmittel, Schwermetalle. Mit Hilfe des Lebensmittelmonitorings können gesundheitliche Risiken für Verbraucher erkannt und abgestellt werden. Im Jahr 2005 wurden 5159 Proben von 50 Lebensmitteln bzw. -gruppen in- und ausländischer Herkunft untersucht.